Khi cuộc tấn công thất bại, Tôn Thất Thuyết phải đưa vua chạy ra Tân Sở (Quảng Trị). Tại đây, ngày 13 - 7 - 1885, ông nhân danh vua Hàm Nghi ra "Chiếu Cần vương", kêu gọi văn thân và nhân dân đứng lên giúp vua cứu nước.
Từ đó, một phong trào yêu nước chống xâm lược đã dâng lên sôi nổi, kéo dài đến cuối thế kỉ XIX, được gọi là phong trào Cần vương. Về diễn biến của phong trào, có thể chia thành hai giai đoạn: 1885 - 1888 và 1888 - 1896. Ở giai đoạn 1885 - 1888, phong trào bùng nổ khắp cả nước, sôi động nhất là các tỉnh Trung Kì và Bắc Kì.
Không chịu khuất phục Pháp, vua Hàm Nghi cùng Tôn Thất Thuyết quyết tâm chủ chiến - Ảnh 2.
Vua Hàm Nghi (1872 – 1943)
Thấy địa bàn Tân Sở chật hẹp, dễ bị địch bao vây, Tôn Thất Thuyết tiếp tục đưa vua Hàm Nghi vượt Trường Sơn ra Bắc rồi lập căn cứ ở làng Phú Gia, huyện Hương Khê (Hà Tĩnh). Căn cứ bao gồm miền Tây ba tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình và lan sang cả Lào.
Trên đường đi, nhờ vua đã nhận được sự giúp đỡ tận tình, chu đáo của đồng bào các dân tộc ở vùng biên giới Việt - Lào. Cuối năm 1886, Tôn Thất Thuyết lên đường sang Trung Quốc cầu viện.
Tháng 11 - 1888, nhờ có tay sai dẫn đường, quân Pháp vào được nơi ở của nhà vua, bắt và đưa Hàm Nghi đi đày sang An-giê-ri (châu Phi). Tuy Hàm Nghi bị bắt nhưng phong trào Cần vương vẫn được duy trì và dần quy tụ thành những cuộc khởi nghĩa lớn, có quy mô và trình độ tổ chức cao hơn trong giai đoạn 1888 - 1896.